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    La tomate, dont l'appartenance à la famille des Solanacées avait été reconnue par les botanistes de la Renaissance, a été classée scientifiquement par Linné en 1753 dans le genre Solanum, avec comme nom binomial Solanum lycopersicum N 2.

    Le botaniste français Joseph Pitton de Tournefort avait placé la tomate cultivée à gros fruits dans le genre Lycopersicon qu'il décrivit formellement en 1694 dans son ouvrage Institutiones rei herbariae. En 1768, Philip Miller, considérant que la tomate différait substantiellement des autres espèces du genre Solanum, telles la pomme de terre et l'aubergine, la reclassa dans ce genre et la renomma Lycopersicon esculentum N 3. Ce nom, qui eut un succès notable, ne respectait pas une règle de la nomenclature botanique qui veut que lorsqu'on déplace une espèce dans un nouveau genre, l'épithète spécifique (lycopersicum) doit être conservé : H. Karst corrigea l'erreur en 1882 et publia le nom formellement correct, Lycopersicon lycopersicum (L.) Karsten ex Farw. Ce nom a été peu utilisé, mais l'est toujours, notamment pour la réglementation phytosanitaire internationale.

    Le nom donné par Miller est toutefois resté le plus usité, mais les techniques modernes de biologie moléculaire ont permis d'établir des arbres phylogénétiques plus précis. Ceux-ci ont montré que la tomate devait être rattachée au genre Solanum, dans le même clade que la pomme de terre (Solanum tuberosum), donnant ainsi raison à Linné. Les espèces anciennement rattachées au genre Lycopersicon sont désormais regroupées dans le sous-genre Potatoe, section Petota, sous-section Lycopersicon du genre Solanum. Le nom officiel actuel est donc Solanum lycopersicum, bien que le nom donné par Miller soit encore utilisé dans nombre de publications
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